Патогенните микроорганизми могат да се размножават в тялото на гостоприемника (инфектират го), което затруднява жизнените му функции и може дори да го убие. За да оцелее, организмът е принуден постоянно да им се противопоставя.
Успешното отблъскване на патогените от гостоприемника им се нарича имунитет (от лат. immunitas – неприкосновеност, недосегаемост).
Това, което задейства имунитета са антигените. Антигените са маркери, които имунната система може да разпознае. Някои от тях, наречени човешки левкоцитни антигени (HLA), отбелязват клетките на собствения организъм, така че той да може да се самоидентифицира. Други могат да бъдат част от чужда клетка (напр. микроорганизъм) или могат да бъдат вещество като храна или полен.
По-примитивен е вродения имунен отговор (това е първата линия на защита срещу инфекция и др. фактори). С течение на времето обаче имунната система „научава“ други начини за защита.
Придобитият имунитет идва от антитела, получени в отговор на антигени, които са попаднали в организма при инфекция или ваксина. Придобитият имунен отговор се осъществява от специализирани клетки, които имат способност да разпознават и запомнят специфични антигени, както и да отключват верига от имунни процеси след като антигенът е разпознат.
