Кожата не е стерилна, а по нея живеят различни микроорганизми. С кожата и видимите лигавици е свързана разнообразна микробна флора, която е наречена нормална микробна флора. Тя е относително стабилна, като специфични видове микроби населяват различни области на тялото през определени периоди от живота на индивида. Повечето микроорганизми живеят в повърхностните зони на роговия слой и в горните части на космените фоликули (T50).
Някои автори сравняват различните зони на кожата с географските региони на Земята:
- пустинята се сравнява със зоната на предмишницата;
- скалпът се сравнява с прохладна гора;
- зоната на подмишниците - с тропическа гора на подмишниците.
Следователно условията в отделните зони са различни и от това зависи видя на микробите, които стават част от нормалната кожна флора в зоната. Най-общо кожните участъци в гънките (аксила, перинеум и междупръстия) съдържат повече микроорганизми, отколкото по-малко останалите области, освен това в тях по-често има грам-отрицателни бактерии. Тези разлики се дължат на повишено количество влага, по-висока телесна температура и по-големи концентрации на липиди на повърхността на кожата.
Основните микроби част от нормалната кожна микрофлора са стафилококи, дифтероиди, микрококи, някои грам-отрицателни бактерии (основно Enterobacter, Klebsiella, Escherichia coli и Proteus spp.). Именно те се изолират от влажните зони в гънките.
Микроорганизмите, живеещи върху кожата и лигавиците могат да помогнат или да навредят на организма:
- Микроорганизмите от нормалната флора могат да помогнат на гостоприемника като защитават своята среда и не позволяват на патогенни микроби да се възпроизвеждат или като произвеждат хранителни вещества, които гостоприемникът може да използва.
- Кожната микробна флора може да стане причина за вреди в организма, напр. развитие на зъбен кариес, абсцеси и други процеси. Това се случва тогава когато имунната защита на организма е отслабена.
- Съществуват и микроби, които обитават кожата като коменсали - обитават гостоприемника за дълги периоди, без да причиняват видима вреда или полза.
Основната роля на кожната микрофлора е защитната. За да се изпълни тази задача, обаче, има и взаимодействие с клетките, които изграждат епидермиса (кератиноцити). Кератиноцитите непрекъснато „вземат проби“ от микробиома чрез техни рецептори за разпознаване на образи (pattern recognition receptors, PRR), напр. Toll-подобни рецептори (TLR) и манозни рецептори. Активирането на кератиноцитните рецептори незабавно стимулира вродения имунен отговор, което води до секреция на антимикробни пептиди, цитокини и хемокини.
